Windows Server 2016 galvenais uzsvars tika likts uz drošību, virtualizāciju un konteineru tehnoloģijām. Šajā versijā tika ieviests Windows Containers un Hyper-V Containers atbalsts, kas ļāva efektīvāk izvietot un izolēt lietojumprogrammas servera vidē. Tika būtiski uzlabots arī Hyper-V, piedāvājot lielāku veiktspēju un elastīgāku virtuālo mašīnu pārvaldību.
Drošības jomā Windows Server 2016 ieviesa tādas funkcijas kā Shielded Virtual Machines, Credential Guard un Just Enough Administration (JEA), kas samazināja uzbrukuma virsmu un uzlaboja piekļuves kontroli. Tāpat tika uzlabota Active Directory darbība un pievienoti jauni aizsardzības mehānismi.
Windows Server 2016 paplašināja arī krātuves un tīkla iespējas, tostarp Storage Spaces Direct, kas ļāva izveidot programmatūrā definētas krātuves bez koplietojamas SAN aparatūras, kā arī uzlabotu programmatūrā definēta tīkla (SDN) atbalstu.
Šī versija tika piedāvāta vairākās edīcijās, tostarp Standard, Datacenter un Essentials, kas atšķīrās pēc pieejamajām funkcijām un licencēšanas modeļa. Windows Server 2016 kļuva par nozīmīgu soli Microsoft serveru platformu modernizācijā un sagatavoja pamatu nākamajām versijām.
