Open Tree of Life
| Jezik | angleščina |
|---|---|
| URL | opentreeoflife.org |
| Komercialno | ne |
| Registracija | ni zahtevano |
| Objavljeno | September 2015 |
| Status | aktivno |
Vsebina dovoljenja | BSD 2-clause (FreeBSD)[1] |
Open Tree of Life je spletno filogenetsko drevo življenja – skupinski projekt, ki ga financira Nacionalna znanstvena fundacija.[2][3] Prva različica, ki je vključevala 2,3 milijona vrst, je bila objavljena septembra 2015.[4] Interaktivni graf uporabniku omogoča povečavo taksonomskih klasifikacij, filogenetskih dreves in informacij o vozlišču. S klikom na posamezno vrsto se prikažeta njen izvor in referenčna taksonomija.
Pristop
[uredi | uredi kodo]Projekt uporablja pristop superdrevesa za generiranje enotnega filogenetskega drevesa (dostopnega na tree.opentreeoflife.org[5]), ki temelji na celoviti taksonomiji in izbranem naboru objavljenih filogenetskih ocen.
Taksonomija je kombinacija več obsežnih klasifikacij, ki so jih izdelali drugi projekti; ustvarjena je z uporabo programskega orodja, imenovanega »smasher«. [6] Nastala taksonomija se imenuje Open Tree Taxonomy (OTT) in jo je mogoče pregledovati na spletu.[7]
Zgodovina
[uredi | uredi kodo]Projekt se je začel junija 2012 s triletno finančno podporo ameriške NSF za raziskovalce na desetih univerzah. Leta 2015 je bila raziskovalcem na treh institucijah podeljena dodatna dvoletna podpora.
Sklici
[uredi | uredi kodo]- ↑ »OpenTreeOfLife License«.
- ↑ Hinchliff CE, Smith SA, Allman JF, Burleigh JG, Chaudhary R, Coghill LM, in sod. (Oktober 2015). »Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life«. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112 (41): 12764–9. Bibcode:2015PNAS..11212764H. doi:10.1073/pnas.1423041112. PMC 4611642. PMID 26385966.
- ↑ »Assembling, Visualizing, and Analyzing the Tree of Life«. National Science Foundation (NSF). 11. marec 2011. Pridobljeno 11. februarja 2016.
- ↑ Pennisi E (21. september 2015). »First comprehensive tree of life shows how related you are to millions of species«. Science Magazine.
- ↑ »opentree«. Open Tree of Life developers.
- ↑ Rees JA, Cranston K (2017). »Automated assembly of a reference taxonomy for phylogenetic data synthesis«. Biodiversity Data Journal. 5 (5): e12581. doi:10.3897/BDJ.5.e12581. PMC 5515096. PMID 28765728.
- ↑ »tree.opentreeoflife.org«.