GenBank
| 内容 | |
|---|---|
| 说明（描述） | 超过300,000种生物体的核苷酸序列，并附有支持性书目和生物学注释。 |
| 获取的数据类型 |
|
| 有机体（生物） | 全部 |
| 相关信息 | |
| 研究中心 | 美国国家生物技术信息中心（NCBI） |
| 主要参考文献（引用） | PMID 21071399 |
| 发布日期 | 1982年 |
| 访问 | |
| 数据格式 | |
| 网站 | NCBI |
| 下载网址 | ncbi ftp |
| 网络服务网址 | |
| 工具 | |
| 网络 | BLAST |
| 独立 | BLAST |
| 其它信息 | |
| 许可 | 不清楚[1] |
基因银行（英語：GenBank，另译基因库、基因数据库）是一个开放获取的序列数据库，对所有公开可利用的核苷酸序列与其翻译的蛋白质进行收集并注释。
此数据库是国际核酸序列数据库协作组织（INSDC）的一部分，由美国国家生物技术信息中心（NCBI）主管，NCBI为美国国立卫生研究院的下属机构。GenBank和它的合作者从全球各个实验室接收了超过百万种生物的数据。
成立三十年来，GenBank数据库成为了最重要的也是最有影响力的生物全领域数据库，其数据正被全球数以百万计的研究人员获取与引用。GenBank中的数据量正以每18个月翻一番的速度持续指數增長[2][3]，在2013年2月的版本194中，數據庫包含有1.62億個序列，含有1500億個核苷酸堿基。[4]
历史
[编辑]1979年，洛斯阿拉莫斯国家实验室（LANL）理论生物学和生物物理学小组 （页面存档备份，存于互联网档案馆）的Walter Goad等人建立了洛斯阿拉莫斯序列数据库，最终成为了公共的 GenBank数据库的前身[5]。1982年，由美国国立卫生研究院、美国国家科学基金会、美国能源部和国防部共同出资，LANL与BBN科技公司合作，成立了GenBank。到1983年底，已有超过2,000个序列被存储在GenBank。
在20世纪80年代中期，斯坦福大学的Intelligenetics bioinformatics公司与LANL合作经营着GenBank项目[6]。作为最早的互联网生物信息学社区项目，GenBank计划为生物学家打造一个开放获取的BIOSCI/Bionet消息社群。1989到1992年，GenBank被转移到新成立的美国国家生物技术信息中心[7]。
发展
[编辑]
在GenBank的版本162.0（2007年8月）的发行说明中道出：“从1982年到现在，GenBank中的碱基数每隔18个月翻一番。”[8]
截至2013年7月8日[update]，GenBank的版本196.0已有165,740,164个基因座，152,599,230,112个碱基，165,740,164个报导序列[4]。 GenBank数据库还包括一些额外的数据集，不包括在这个统计内。
| 物种 | 碱基对 |
|---|---|
| 智人 Homo sapiens | 1.6310774187×1010 |
| 小家鼠 Mus musculus | 9.974977889×109 |
| 褐鼠 Rattus norvegicus | 6.521253272×109 |
| 家牛 Bos taurus | 5.386258455×109 |
| 玉米 Zea mays | 5.062731057×109 |
| 野豬 Sus scrofa | 4.88786186×109 |
| 斑馬魚 Danio rerio | 3.120857462×109 |
| 紫色球海胆 Strongylocentrotus purpuratus | 1.435236534×109 |
| 普通獼猴 Macaca mulatta | 1.256203101×109 |
| 水稻 Oryza sativa Japonica Group | 1.255686573×109 |
| 烟草 Nicotiana tabacum | 1.197357811×109 |
| 非洲爪蟾 Xenopus (Silurana) tropicalis | 1.249938611×109 |
| 黑腹果蝇 Drosophila melanogaster | 1.11996522×109 |
| 黑猩猩 Pan troglodytes | 1.008323292×109 |
| 拟南芥 Arabidopsis thaliana | 1.144226616×109 |
| 家犬 Canis lupus familiaris | 951,238,343 |
| 酿酒葡萄 Vitis vinifera | 999,010,073 |
| 原雞 Gallus gallus | 899,631,338 |
| 大豆 Glycine max | 906,638,854 |
| 普通小麦 Triticum aestivum | 898,689,329 |
参阅
[编辑]- Ensembl
- 人类蛋白质参考数据库（HPRD）
- 序列分析
- 通用蛋白质资源库（UniProt）
- 已测序真核生物基因组列表
- 已测序古菌基因组列表
- 参考序列 — 参考序列数据库
- Geneious — 包括GenBank提交工具
- 开放科学数据
- 开放标准
参考文献
[编辑]- ^ UCSC的下载页面显示“NCBI对GenBank数据的使用或分发不做任何限制。但是，一些提交者可能对其提交的全部或部分数据主张专利、版权或其他知识产权。NCBI无法评估此类主张的有效性，因此无法对GenBank中包含的信息的使用、复制或分发提供评论或无限制许可。”The at says "NCBI places no restrictions on the use or distribution of the GenBank data. However, some submitters may claim Biological patent, copyright, or other intellectual property rights in all or a portion of the data they have submitted. NCBI is not in a position to assess the validity of such claims, and therefore cannot provide comment or unrestricted permission concerning the use, copying, or distribution of the information contained in GenBank."
- ^ Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2008, 36 (Database): D25–D30. PMC 2238942
. PMID 18073190. doi:10.1093/nar/gkm929.
- ^ Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. GenBank. Nucleic Acids Research. 2009, 37 (Database): D26–D31. PMC 2686462 . PMID 18940867. doi:10.1093/nar/gkn723.
- ^ 4.0 4.1 GenBank release notes. NCBI. [2013-12-02]. （原始内容存档于2016-12-22）.
- ^ Hanson, Todd. Walter Goad, GenBank founder, dies. Newsbulletin: obituary. Los Alamos National Laboratory. 2000-11-21 [2013-12-02]. （原始内容存档于2008-11-07）.
- ^ LANL GenBank History. [2013-12-02]. （原始内容存档于2016-03-03）.
- ^ Benton D. Recent changes in the GenBank On-line Service. Nucleic Acids Research. 1990, 18 (6): 1517–1520. PMC 330520 . PMID 2326192. doi:10.1093/nar/18.6.1517.
- ^ Dennis A. Benson, Mark Cavanaugh, Karen Clark, Ilene Karsch-Mizrachi, David J. Lipman, James Ostell, Eric W. Sayers. GenBank. Nucleic Acids Research. 2013-01, 41 (Database issue): D36–42 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 3531190 . PMID 23193287. doi:10.1093/nar/gks1195. （原始内容存档于2020-05-14）.
- ^ Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW. GenBank. Nucleic Acids Res. January 2011, 39 (Database issue): D32–37. PMC 3013681 . PMID 21071399. doi:10.1093/nar/gkq1079.
本条目引用的公有领域材料来自美国国家生物技术信息中心的文档《NCBI Handbook》。
外部链接
[编辑]- GenBank
- 血红蛋白β序列记录示例
- BankIt
- Sequin — 由NCBI开发的独立软件工具，用于向GenBank序列数据库提交和更新条目。
- EMBOSS — 免费的开源分子生物学软件
- GenBank、RefSeq、TPA和UniProt：名称代表什么？
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